میتوکندری ها اندامک های غیر معمولی هستند.
آنها همچون نیرو گاه های سلول هستند که توسط غشا و ژنوم شان احاطه شده اند.
همچنین میتوکندری ها به طور مستقل از سلولی که درآن اقامت دارند تقسیم می شوند و این به این معناست که تقسیم میتوکندری ها همزمان با تقسیم سلول نمی باشد.
بعضی ازاین ویژگی های ذکر شده وجود نظریه انخاب طبیعی و همچنین نیاکان قدیمی آنها را تایید می کند.
میتوکندری ها نوین ، شباهت های زیادی به پروکاریوت های نوین دارند؛اگرچه آنها نسبت آن زمان باستانی سمبولیک (زمان اتفاق افتادن نظریه درون همزیستی) نسبت به هم تغییر کرده اند و متفاوت شده اند(واگرایی).
به طور مثال : غشا درونی میتوکندری شامل زنجیره انتقال الکترونی است که غشای پلاسمایی پروکاریوت ها هم آن را دارد. همچنین ژنوم هر دوی آنها حلقوی است.
یکی از تفاوت های میتوکندری ها با پروکاریوت ها این است که تصور می شه که میتوکندری ها تعدادی از این ژنوم ها را از دست داده اند. اما امروزه این اندانمها تعداد کمی از آن ها را سنتز می کنند.