مسیر MHC کلاس 2
MHC II در رتیکولوم اندوپلاسمیک(ER) سنتز می‌شود. شیار MHC II در ER توسط پروتئین Ii (invariant chain) اشغال شده است(تا به پپتید‌های مربوط به پروتئین‌های سیتوزولی یا مسیر MHC نوع 1 متصل نشود). تا پپتیدی روی شیار قرار نگیرد،MHC خارج نمی‌شود.
زنجیره پروتئینی Ii(یک تترامر) باعث تحریک تاخوردگی و به هم پیوستن مولکولهای MHC II شده و آنها را به سمت اندوزوم‌های انتهایی می‌برد.
MHCII از ER خارج شده و به گلژی می‌رود و توسط وزیکول به خارج سلول رفته و روی سطح آن قرار می‌گیرد. بعد سلول TCD8+ با TCR مجموعه پپتید-MHC را شناسایی و با CD8 قسمت غیرپلیمورف MHC را شناسایی می‌کند.
MHCII روی سطح سلول‌های Antigen Presenting Cell هستند (مثل دندریتیک سلDC و ماکروفاژ و لنفوسیتB) و به میکروب‌ها و پروتئین‌های خارج سلولی پاسخ می‌دهد.
در مرحله اول آنتیژن به APC متصل می‌شود و وارد سلول می‌شود. هر سلول APC وسیله‌های مختلف برای وارد کردن دارند: بعضی پذیرنده‌ها به ناحیه Fc آنتیبادی متصل به آنتیژن متصل می‌شود، بعضی پذیرنده‌ها به کمپلمان متصل به آنتی ژن متصل می‌شود، بعضی‌ها مثل لنفوسیت B مستقیما وارد می‌شود(دارای ایمونوگلوبولین‌های سطحی که به صورت پذیرنده B cellرسپتور هستند). سپس این پروتئین خارج سلولی که وارد سلول شده داخل آندوزوم یا فاگوزوم قرار می‌گیرد، در ادامه آندوزوم (Ag پروتئینی بلعیده شده) و فاگوزوم (میکروب های ذره ای بلعیده شده) با لیزوزوم ادغام می‌شود و با وجود آنزیم‌هایی که در PH اسیدی عملکرد مناسب دارند،پروتئین به پپتید تبدیل می‌شوند.
