MHC کلاس 1

دو تا زنجیره پلی‌پپتیدی دارد که به صورت غیر کووالانسی به هم متصل اند: زنجیره α و زنجیره 2-microglobulinβ. -microglobulinβ2 در تمام MHC‌های کلاس I مانند هم است و تفاوت در زنجیره α است. 2-microglobulin β در ناحیه MHC کد نمی‌شود.

زنجیره α مانند سایر پروتئین‌ها پیچ خوردگی‌هایی پیدا می‌کند و 3 دومین خارج سلولی ایجاد می‌کند. دومین α₁ و α₂ و α₃ (رشته را از سمت N-ترمینال نام گذاری می‌کنیم)

پپتید، بین شیاری که بین α₁ و α₂ به وجود آمده قرار می‌گیرد.

دومِین α₃ در تمام MHC I ثابت است و به CD8 متصل می‌شود.

برای این که MHC روی سطح سلول ظاهر شود باید حتما شیار توسط پپتید پر شده باشد.  برای ظاهر شدن MHC روی سطح سلول باید α₁ و α₂ (با این که در اتصال به آنتی ژن نقشی ندارند) و پپتید حضور داشته باشند.

روی هر سلول هسته دار 6 نوع MHC می‌تواند حضور داشته باشد؛ A و B و C از مادر و A و B و C از پدر.