MHC II compartment

در ماکروفاژها و سلولهای B انسان یک زیر گروه از اندوزومهای انتهایی غنی از MHC II به نام محفظه یا وزیکول MHC II یا MHCII compartment یا MIIC وجود دارد. این محفظه شامل آنزیم‌های تجزیه کننده پروتئین، MHC II و دو مولکول دخیل در بار گذاری پپتید در MHC II یعنی HLA-DM و زنجیره ثابت است.  HLA-DM ساختاری شبیه MHC دارد چون در ناحیه ی ژنی MHC کد می شود.

در درون MIIC ، Ii در اثر توام آنزیم­های پروتئولیتیک و HLA-DM از MHCII جدا می‌شود و سپس پپتیدهای آنتی­ژنی قادر به اتصال به شیارهای اتصالی پپتید در دسترس MHC II می‌شوند. آنزیمهایی مانند کاتپسین G روی Ii اثر کرده و بعد از تجزیه آن یک قطعه 24 اسیدآمینه ای به نام پپتید زنجیره ثابت اتصال یافته به کلاس II یا  CLIP و یک قطعه ی دیگر را  ایجاد میکنند که clipمتصل باقی میماند. سپس HLA-DM ،CLIP را از شیار برداشته و پپتید در آنجا قرار می‌گیرد.در اینجا هم باید یک سری آنزیم باشد تا پپتید را به سایز مناسبی برش دهند هرچند طول قطعات پپتید در کلاس نوع 2 بلند تر است چون شیار باز است.