اما گاهی تغییرات به جای سیستم ایمنی در خود میکروب رخ میدهد مثل موتاسیون، ولی این تغییرات میکروبی گستردهتر از موتاسیونِ بهتنهایی هستند. انواع تغییراتی که در میکروب رخ میدهد:
1.
)Multiple antigenic variants تغییر در سطح گونه)
یک میکروب به تنهایی تغییر نکند ولی کل خانوادهی آن میکروب در طی زمان تغییر کند بهعنوان مثال پنوموکوک اینگونه است. در سطح پنوموکوکها کپسولی وجود دارد که در سطح این کپسول، آنتیژنهایی قرار دارند. مشکل اینجاست که هر پنوموکوکی را از هرجایی بگیرید، ظاهر متفاوتی دارد (یعنی در روند تکامل، ظاهر خود را تغییر دادهاند.)اگر با یک پنوموکوک آلوده شویم علیه Ag آن در بدن Ab تولید میشود که سلول از طریق اپسونیزه کردن،فاگوسیت میشود.اما مدتی بعد که با یک پنوموکوک دیگر با Ag جدید رو به رو شویم،Ab قبلی موثر نخواهد بود.
ویروس سرماخوردگی هم اینگونه است. Rhinoviruses مهمترین عوامل گروه سرماخوردگیاند. این ویروسها بسیار متنوعاند و آنتیژنهای متفاوتی دارند، از این جهت علیه آنها نمیتوان واکسن تولید کرد.
2. Antigenic shift/drift :
وقتی رخ میدهد که موتاسیون در خود عامل بیماریزا اتفاق بیافتد که مشهورترین مثال آن HIV است.موتاسیونهای کوچک که باعث تغییرات کوچک در آنتیژنهای یک پاتوژن میشوند، اصطلاحا به آنها Drift گفته میشود که خیلی از ویروسها آن را شامل میشوند، مانند ویروس آنفولانزا روی سطح ویروس آنفولانزا هم آگلوتینین وجود دارد ه گیرنده آن روی سطح سلول های تنفسی است،میکروب وارد سلول شده و عفونت ایجاد میکند.در بدن علیه هم آگلوتینین،آنتی بادی تولید میشود که باعث نوترالیزه کردن و مانع اتصال آن به سلول هدف میشود.ویروس برای مقابله با این عمل درژن مربوط به هم آگلوتینین موتاسیون های کوچک(drift )انجام میدهد با این کار شکل هم آگلوتینین عوض شده و آنتی بادی نمیتواند به ان متصل شود. متاسفانه آنفولانزا یک کار دیگری هم انجام میدهد که Shift نامیده میشود. Shift به این معناست که اگر به عنوانمثال ما دو ویروس آنفولانزا داشته باشیم که هرکدام برای یک موجود دیگر باشند، اما هردو یک سلول را آلوده کرده باشند، این دو میتوانند با یکدیکر ترگیب شده و یک موجود جدید با آنتیژنهای جدید ایجاد کنند و این بسیار خطرناک است و پاتوژنیسیتی بالایی دارد و گاهی باعث میشود کل گونه نسبت به آن حساس شوند، زیرا مقابله با آن دشوار است.شیفت آنتی ژن فقط در آنفولانزا وجود دارد. اما drift در بسیاری از سلول ها انجام میشوداین نگرانی در مورد انواع آنفولانزای خوکی،انسانی و پرندگان(avian ) وجود دارد.(اصل ویروس آنفولانزای swine است اما میتواند سایر گونه هارا هم آلوده کند.)گاهی یک میزبان توسط دوتا از این ویوس ها آلوده میشوند که یک ویروس جدید chimeric تولید میشود که تا الان وجود نداشتته و اهمیت آن در این است که هیچ گونه ای نسبت به آن مقاوم نیست.بنابراین آنفولانزا از معدود ویروس هایی است که میتواند پاندمی ایجاد کند و اصطلاحا به آن epidemiologists nightmare گویند
1. Genetic recombination (نوترکیبی در سطح DNA): میکروب تغییر میکند ولی موتاسیون رخ نمیدهد.
بیماری خواب: عامل ایجادکنندهی آن تریپانوزوما میباشد که وکتور آن نیز مگس تسهتسه است. علائم آن نیز شامل درگیری دستگاهعصبیمرکزی، خوابآلودگی شدید، کما و حتی مرگ میشود(تریپونوزوما درشت است و فرصت نمیکند موتاسیون ایجاد کند چون چرخه زنگی طولانی دارد.). تریپانوزوم یک نقطهی بسیار حساس (پاشنهی آشیل) از جنس گلیکوپروتئین در سطح خود دارد که هدف آنتیبادی قرار میگیرد و سریع کشته میشود (با فعال شدن کمپلمان). تریپانوزومها برای این نقطه ضعفِ خود، یک راهحل دارند، از این قرار است که برای این گلیکوپروتئینهایی که در سطح خود دارند، تعداد زیادی ژن با نام VSG دارند که هر کدام با دیگری کمی متفاوت است و میتوانند هرموقع که یک گلیکوپروتئین ناکارآمد شد(آنتی بادی علیه ان تولید شد)،سریع آن را بردارد و ژن VSG دیگری را بیان کنند و مقاومت بیایند.لذا Ab قبلی کارآمد نیست و زمان میبرد تا Ab جدید تولید شود.این چرخه میتواند هزار بار تکرار شود.
2. Antigenic variation during life cycle:
مثال دیگری که میتوانند برای خود مقاومت ایجاد کنند، پلاسمودیومها میباشند و از طریق چرخهی زندگی (پنهان شدن و دردسترس نبودن) این کار انجام میدهند.به این صورت که اول اسپوروزوئیت اند و تا بدن علیه آن آنتی بادی تولید کند در کبد قایم میشوندوتا Tسل ها بیایند و سلول های آلودده را تخریب کنند،وارد جریان خون شده و چرخه زنگی خود را کامل میکنند.پس پلاسمودیوم هر روز اشکال Ag خود را عوض میکند.