برخی از آنتی ژنهای پروتئینی برای عرضه شدن درمسیر MHC I نیازی به یوبی کوئیتینه شدن و پروتئازوم ندارند) احتمالا توسط پروتئازهای سیتوزولی تجزیه می‌شوند (.
توالی های سیگنال پروتئین‌های غشایی و ترشحی بعداز ساخته شدن و انتقال پروتئینها به رتیکولوم اندوپلاسمیک توسط سیگنال پپتیداز شکسته می/شود و به صورت پروتئولیتیک تجزیه می‌شود و پپتیدهای اتصالی به مولکول‌های MHCI ایجاد می‌شود. (بدون پروتئولیز سیتوزولی)
مقدار آنتی‌ژن موجود در سیستم لنفاوی به احتمال زیاد برای القای پاسخ ایمنی قوی هومورال در تخلیه لنفاوی مخاط مخاطی، حتی در صورت وجود عوارض جانبی ادجوانت، ناخوشایند بود.
با این حال، در استنشاقغیرطبیعی گوسفند این واکسن، موجب پاسخ برخی از واکنش های ایمنی قابل تشخیص در سرم می‌شود که نشان می دهد ایمنی پس از زایمان بینی نیاز به حداقل دو اسنتشاق داخل بینی و یا در مکان های مختلف از این رگ های نازک نیاز دارد.
این ادجوانت حاوی ذرات اندازه 40 نانومتر تشکیل شده از اجزای قهوه ای ، فسفولیپید و کلسترول است و خواص ادجوانت خود را از حضور اجزای ساپونین و احتمالا اندازه آن ذرات بهره برده است.
با وجود این واقعیت که مقادیر کم آنتی ژن به سیستم لنفاوی بعد از تحویل بینی منتقل می شود، احتمال دارد که برخی از آنتی‌ژن ها به بافت لنفاوی برسد.
در حقیقت، در حیواناتی که قبلا تحت جراحی ایمنی قرار گرفته اند و پاسخ ایمنی اولیه را به آنفلوانزا پیوند داده اند، پاسخ های خاطره را می توان در داخل نمونه انسانی پس از واکسن آنفلوانزا حاوی ادجوانت افزایش داد.
در نگاه اول، این نتایج ممکن است به نظر برسد که از یک واکسن انسانی به شکل موفقیت آمیز استفاده شده است و استنشاق صورت گرفته است.
با این حال واکسن آنفولانزا عمل ملایمی دارد مخصوصا زمانی که آلوده به مخاط بینی می شود و بنابراین می تواند پاسخ ایمنی را حتی اگر فقط یک دوز کوچک آن وارد عروق لنفاوی شود تحریک کند.
چند نوع آنتی‌ژن، از لحاظ گروه‌های سازنده وجود دارد؛ پروتئینی، لیپیدی، نوکلئیک اسیدی و قندی.
T cell ها آنتی ژن های پپتیدی را میشناسد.
1) آنتی ژن وابسته به تیموس: آنتی ژن باید پروتئینی باشد.
یعنی B cell بعدا برای پاسخ دهی به آنتی ژن به T cell نیاز دارد. (T cell به آنتی‌ژن‌های پروتئینی پاسخ میدهد.)
B cell ها به انواع آنتی ژن ها پاسخ می دهند اما برای Isotype switching و خاطره و Affinity maturation آنتی ژن باید پروتئینی باشد.
آنتی ژن های وابسته به تیموس Polyclonal activation ندارند.
آنتی ژن غیر پروتینی سلول خاطره نمیدهد. سلول B زمانی memory میدهد که کنارش T cell باشد (پس یعنی باید آنتی‌ژن پروتئینی باشد.)
ü هر آنتی ژنی که توسط هم سلول های B و هم T شناسایی شود و باعث ایجاد خاطره شود وابسته به تیموس است.
v برای تهیه واکسن های غیرپروتئینی از کانژوکیشن کردن آن با پروتئین استفاده می شود. (برای اثر بخشی بهتر آن)
Thymus-dependent ها بیشتر پروتئین‌های محلول اند.
Polyclonal activation ها باعث فعال شدن T independent می‌شوند. (مثل کپسول در باکتری)
