دو تا زنجیره پلیپپتیدی
دارد که به صورت غیر کووالانسی به هم متصل اند: زنجیره α و زنجیره 2-microglobulinβ. -microglobulinβ2 در تمام MHCهای کلاس I مانند هم است و تفاوت در زنجیره α است. 2-microglobulin
β در ناحیه MHC کد نمیشود.
زنجیره α مانند سایر پروتئینها
پیچ خوردگیهایی پیدا میکند و 3 دومین خارج سلولی ایجاد میکند. دومین α1 و α2 و α3 (رشته را از سمت N-ترمینال
نام گذاری میکنیم)
پپتید، بین شیاری که بین α1 و α2 به وجود آمده قرار میگیرد.
دومِین α3 در تمام MHC I ثابت است و به CD8 متصل میشود.
برای این که MHC روی سطح سلول ظاهر شود باید حتما
شیار توسط پپتید پر شده باشد. برای ظاهر شدن MHC روی سطح سلول باید α1 و α2 (با این که در اتصال به
آنتی ژن نقشی ندارند) و پپتید حضور داشته باشند.
روی هر سلول هسته دار 6
نوع MHC میتواند حضور داشته باشد؛ A و B و C از مادر و A و B و C از پدر.